6月12日至13日，由于漓江上游普降特大暴雨，河水猛涨，内涝严重。降雨强度之大、范围之广属历史罕见。6月13日下午4时漓江水位阳朔站监测最高洪水位达112.42米左右，超警戒水位3.42米，至使阳朔遭受了50年不遇的洪灾。
据初步统计，全县9个乡（镇）严重受灾，受灾人口15.2569万人，倒塌房屋475间。洪灾造成直接经济总损失1.622亿元。灾情发生后，阳朔县委、县政府及时部署了抗灾工作，并认真做好了受灾群众的生活安置。
为了做这次防洪灾工作，阳朔县根据近期汛期预报及时早布置早准备，特别是6月11日全国防汛电视电话会议后，阳朔及时启动抗洪抢险二级预案，县防汛抗旱指挥部于12日下午5时至13日上午7时通过电视、网络、手机等，连续发出3个汛期紧急通告。灾情发生后，阳朔县委、政府把全力抢救、安置灾民当作救灾的首要任务来抓。及时组织武警、消防、公安、民兵组成突击队600多人，干部职工1500人迅速投入到有险情的村庄、水库、企业等抗洪抢险。紧急疏散、转移安置灾民68541人。县财政紧急下拨100万元，民政局紧急调拨救灾物资，发放大米2万斤、矿泉水5000多件、饼干3500件（盒）、快餐面5000件、帐篷100多顶、棉被800多床、衣物1200多件等一大批物资安置群众。确保全县的洪涝灾害受灾群众人心稳定，受灾地区秩序良好。
其它部门各司其职，齐力抗灾救灾。供电部门及时启用临时发电机，确保党政、金融、卫生等重要部门正常用电。出动人员700多人次，车辆100多台次进行抢修，截止6月15日8:00，因灾停电的3座变电站已恢复供电，电网负荷恢复到灾前水平的67.7%，县城全部恢复供电。交通部门及时在所有中断的公路设置安全警示标志，现场安排人员进行值守和维护。农业部门指导农户开展生产自救，如及时清洗被淹作物，搞好排涝，增施叶面肥，及时补种、改种。及时组织维修受损水利设施。旅游商贸部门：积极为广大外来游客做好服务工作，妥善安置好围困游客。组织及时转移商品、货物，清洗街道、景区、宾馆，做好消毒防疫工作，特别是西街、“印象·刘三姐”、百乐来等重点区域。尽快处理受损商品，恢复营业，减少损失。市容市政方面：园林管理所、环卫、城管、质检、监理等共同维护县城市容。
县卫生防疫部门还组成5个工作组会同乡（镇）卫生院深入受灾区认真搞好灾后防疫卫生知识宣传，及时下发通知和利用广播电视进行宣传。印发宣传资料5万多份，至15日已发放消毒药液2335公斤和100多瓶饮用水源消毒药片。目前各乡（镇）村居委和县城主要受淹场所、单位、学校均进行了消毒。特别是对西街、各大景区、酒店、单位、学校、集镇等人口密集场所和3500个受洪水污染的水井进行了防疫消毒，为确保大灾之后无大疫打下了基础。